Le mot ontologie vient du grec ontos qui signifie étant, et logos qui signifie discours. Il s'agit donc d'un discours sur ce qui est, ce qui existe. Selon Willard Van Orman Quine, l'ontologie répond à la question : qu'est-ce qui existe ? Ce que l'on pourrait préciser en : comment le Monde est-il constitué ? Nous nous en tiendrons à ces définitions interrogatives. Elles se clarifient par les façons d'y répondre qui sont diverses.
L'ontologie procède d'abord par une réflexion critique sur les concepts et postulats premiers, utiles à la connaissance de ce qui existe (tels que le Monde, l'existence, le réel, la réalité empirique, la temporalité, la causalité, l'espace, le temps, le déterminisme, l'émergence, les universaux, etc.). L'ontologie fait également des hypothèses sur la constitution de l'Univers. Pour être sérieuses et crédibles, ces hypothèses doivent être rationnelles et appuyées sur les savoirs apportés par les sciences.
Comme exemple de réflexion ontologique, on peut donner la distinction entre les modes d'existence. En effet, il est souhaitable de distinguer l'existence empirique et l'existence en soi. La première, celle de la réalité factuelle (phénoménale), est produite par notre expérience. La seconde, de l'existence en soi constitutive du Monde (le réel) est indépendante de notre expérience. Les faits empiriques en sont la manifestation. D'une manière générale, l’ontologie se prononce sur la nature et la distribution de ce qui existe dans le Monde. Elle concerne la réalité empirique, mais surtout le réel en soi (ce qui est constitutif du Monde).
Le mode d’existence du réel est immanent et constitutif de l'Univers. Nous le supposons par une conceptualisation abstraite à partir du premier. En effet, on ne peut légitimement se prononcer directement sur le réel en soi, comme l'a fait remarquer Emmanuel Kant. Il faut nécessairement passer par l’intermédiaire des savoirs empiriques solides et vérifiés, c'est-à-dire scientifiques, pour connaître de manière pertinente ce qui existe indépendamment.
Ainsi, il est possible de se forger une idée du réel, mais on ne peut affirmer que le réel soit absolument conforme à cette idée. La démarche ontologique n'aboutit pas à un savoir apodictique. Une ontologie est toujours hypothétique ; elle ne peut prétendre à une vérité absolue, mais seulement à la vraisemblance. Toute conception du réel est sujette à révisions avec l'avancée des connaissances empiriques. L'ontologie se doit d'être prudente.
Par ailleurs, on doit différencier l'ontologie de la métaphysique. Selon la définition d'Aristote, la métaphysique étudie « l'être en tant qu'être ». Dans ce cas, ontologie et métaphysique pourraient être identiques. Cependant, depuis qu'elle existe, la métaphysique ne s'est pas contenté de se prononcer sur l'existence, elle a sans cesse débordé vers le transcendant, le supra sensible, le religieux.
Il est aussi indispensable de différencier l’ontologie de la mythologie. Cette dernière est la façon dont les humains se conçoivent dans leur environnement, élargie à une vision intuitive au Monde en général à caractère religieux. Par exemple, dire que les êtres humains et non-humains descendent d’ancêtres communs qui résidaient au-delà du Monde n’est pas une ontologie, mais une mythologie.
Pour en savoir plus, voir l'article : Quelle ontologie proposer aujourd'hui ?