Le structuralisme cherche à repérer une organisation, une « structure », présente derrière les faits et leurs variations. Les disciplines structuralistes produisent, en suivant ce principe, des modèles à partir des faits et de leurs transformations dynamiques. L'étude des transformations est une manière de mettre en évidence l'invariance de la structure.
Passé ce principe, qui fait l’objet d’un accord général, les conceptions structuralistes sont bien différentes et les doctrines s'en réclamant parfois très floues. Le degré de formalisation jugé indispensable, le mode d’existence de l’organisation étudiée et son pouvoir de genèse sont conçus de manières diverses, ce qui a donné lieu à d’âpres controverses. La structure est tantôt considérée comme un schéma théorique (position formaliste et instrumentaliste), tantôt comme ayant un être véritable (position du réalisme structural).
Sur le plan de la méthode, le structuralisme veut saisir, derrière la diversité phénoménale, un arrière-plan fondateur qui serait la structure. L'ontologie de la structure (réalisme structural) pose un problème, car la structure est d'abord un modèle théorique construit. L’affirmation réaliste selon laquelle la structure serait le fondement réel des faits considérés est trop abrupte. D'une manière plus nuancée, on peut supposer que les structures mises en évidence donnent une idée du réel, ce qui laisse supposer qu'il soit organisé.
En ce qui concerne les sciences de l'homme, dans les années 1950/60, le structuralisme a subi l'influence de la linguistique. L’importance donnée au logico-linguistique par le structuralisme appliqué aux sciences humaines paraît, a posteriori, sans fondement. Affirmer qu'une structure logico-langagière soit au fondement de l'organisation sociale, des formations de l'inconscient, des mythes, etc., reste une hypothèse sans démonstration probante. L’idée que la structure déterminante pour l’homme serait la « structure du symbolique » paraît infondée.
L'inconvénient de cette mode a été le refoulement du rôle de l'imaginaire, du pulsionnel et de la pensée magique dans la détermination des conduites humaines, individuelles et collectives.
Bien qu'il en soit proche, le structuralisme a ignoré la pensée « systémique », car le structuralisme s'est plutôt dirigé vers la recherche de l'ordre, de rapports fixes, de l’invariance. Cependant, la distinction théorique entre structure et système est parfois impossible.
(Voir aussi systémique).