Les capacités de représentation et de cognition humaines sont, selon l'hypothèse réductionniste biologisante, générées directement par le niveau neurobiologique et selon l'hypothèse spiritualiste-idéaliste attribués à l'Esprit.
Il existe une autre hypothèse, celle d'une forme d'existence, d'un niveau ontologique spécifique. Ce niveau se comprend dans le cadre de la théorie de l'émergence de niveaux d'organisation/intégration appliquée à l'homme. Dit très brièvement, l’émergence désigne la naissance d’un mode d’organisation/intégration qui se forme à partir du mode d’organisation de complexité inférieure.
On peut supposer que le niveau cognitif et représentationnel émerge du neurobiologique par un degré supplémentaire de complexification permettant un saut qualitatif dans les propriétés. L'émergence permet d'expliquer comment il peut y avoir, à la fois une filiation avec le neurobiologique et une autonomie par rapport à ce dernier.
Ce niveau, par sa dynamique propre, générerait l'ensemble des capacités cognitives et représentationnelles de l'homme.
La thèse du niveau cognitivo-représentationnel est plausible au vu des connaissances actuelles, car il est abusif de prétendre que l’homme pense à l’aide de ses neurones. Supposer un mode d'organisation de degré supérieur au système nerveux, formant le niveau cognitif et représentationnel, c'est donner une origine plausible à la pensée et aux conduites intelligentes de l'homme tout en leur supposant une certaine autonomie.
Il s'agit du niveau de complexité qui génère, non seulement les divers types de pensées, mais aussi les conduites intelligentes, les manières de faire, les actions pratiques ; ensemble de faits qui demandent un traitement cognitif spécifique pour être convenablement expliquées.
Si on admet que le cerveau est nécessaire, mais insuffisant, pour expliquer la cognition humaine, il est cohérent de supposer un niveau d’organisation de complexité supérieure au niveau neurobiologique. C'est une thèse ontologique qui permet de comprendre l'autonomie de la pensée et de l'intelligence par rapport au biologique, sans faire appel à des hypothèses métaphysiques sur l'esprit. Poser le problème des capacités cognitives humaines autrement qu'en termes de leur réduction au cerveau, ou d'une existence substantielle de l'esprit, paraît intéressant et plausible compte tenu des avancées contemporaines du savoir.