L’Homme étant dans le Monde, le portrait que l'on peut en peindre dépend de l’ontologie sous-jacente. Nôtre ontologie est pluraliste et permet des considérer l'Homme en continuité avec la pluralité de l'Univers qui l'entoure. Il s'ensuit que le dualisme de la philosophie classique dualiste paraît inapproprié. Le corps et l'esprit ne constituent pas une catégorisation  utile pour l'anthropologie philosophique. Le pluralisme des niveaux d'organisation permet de  penser les capacités intellectuelles humaines en dehors de toute hypothèse métaphysique.

Entre les deux niveaux candidats, neurobiologique et cognitif, susceptibles de générer les faits intellectuels, plusieurs arguments plaident en faveur du second. Les caractéristiques connues du neurobiologique ne semblent pas propres à expliquer les faits considérés. De plus, les propositions réductionnistes biologisantes, pour justifier leurs thèses, appauvrissent trop la réalité humaine pour être crédibles. L'argument de simultanéité entre activité neurobiologique et activité cognitive ne vaut pas démonstration de détermination de l'un par l'autre, mais seulement de dépendance.

L’hypothèse ontologique d’un niveau d’organisation de complexité supérieure à celle du niveau neurobiologique n'est pas certaine, mais elle est plausible. Cette proposition évite les deux positions antagonistes prises eu égard aux capacités intellectuelles humaines : soit leur surélévation transcendante (métaphysique), soit leur réduction matérialiste au fonctionnement du cerveau. 

Avec l'hypothèse d'un niveau cognitif, on évite d'avoir à supposer l'existence de l'esprit comme substance autonome ou sa survenance sur la matière. On débouche sur un problème qui peut trouver une solution, celui de l'émergence du niveau d'organisation à partir du niveau neurobiologique. Accepter l'existence d'un niveau cognitif c'est changer de paradigme concernant l'Homme. La question pertinente n'est plus celle des rapports entre le corps et l'esprit, mais celle de l'émergence (ou pas si on la conteste), d'un mode d'organisation spécifique qui explique les capacités à connaître, penser, vouloir, se représenter, agir, et parler, de l'Homme.

Le dualisme est la résultante intuitive de l'expérience spontanée. Beaucoup d'hommes se considèrent selon la dualité corps-esprit et agissent en conséquence. Il y a bien dans la réalité des pratiques corporelles et spirituelles qui existent. Dans ce cas comme dans d'autres, penser rationnellement en tenant compte des acquis scientifiques, c'est penser contre l'évidence intuitive et l'expérience commune ; mais sans pour autant prétendre la supplanter, car elle s'impose de toutes les façons dans la vie courante.

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