Pour les auteurs Andrew Arana, Hasok Chang, Stéphanie Ruphy, et Léna Soler, la seconde moitié du XXe siècle a vu émerger différentes tentatives pour penser l'absence d'unité des sciences. C'est une réponse au monisme méthodologique issu du Cercle de Vienne, stipulant l’unité de la science et donc la validité du projet d’une philosophie de « la » science. Ainsi, dès la fin des années 1960, la philosophie de la biologie a voulu affirmer la spécificité des sciences du vivant et donc l’obligation de se départir des canons de la philosophie de la physique. Au cours de la décennie suivante, on constate l’institutionnalisation de plusieurs philosophies « des sciences spéciales » : de la biologie, de la géographie, de la médecine, etc. Bien que ces différentes philosophies soient aussi pensées comme des sous-disciplines d’une philosophie générale de la science ou des sciences, cette spécialisation vient mettre à mal la longue tradition d’affirmation de l’unité de la science fondée sur un réductionnisme physico-chimique.
Pour autant, l’idéal positiviste de clarification conceptuelle et de purification du langage demeure souvent central pour ces nouvelles philosophies. Ce qu’elles contestent au premier chef est donc le « dogme » de l’unité de la science, et non nécessairement la méthodologie positiviste. Parmi ces critiques, on peut rappeler, entre autres, Paul Feyerabend, Jerry Fodor et le groupe de la « Stanford School » (Nancy Cartwright, John Dupré, Peter Galison, Patrick Suppes et Ian Hacking). Tous soulignent le caractère social et culturel des sciences ainsi que l’importance de l’histoire des sciences pour l’élaboration d’une image moins abstraite et idéalisée de la pratique scientifique. La critique de l’unité de la science a conduit à la révision de certains concepts fondamentaux et traditionnels de l'épistémologie, au premier rang desquels celui de « méthode » (Feyerabend 1975) auquel ces auteurs préfèrent des concepts soulignant le pluralisme des sciences comme celui de « style de raisonnement scientifique » (Crombie 1994 ; Hacking 1982, 1992).
La question des modalités philosophiques de la « désunité » de la science se pose ainsi au cœur de la réflexion épistémologique la plus actuelle. Elle s’est accompagnée de l’essor de nouvelles catégories, comme celle de pluralisme, qui visent le même rejet du monisme méthodologique. Le pluralisme – c’est-à-dire l’affirmation de la coexistence de plusieurs systèmes de connaissance à l’intérieur d’un même domaine de recherche – est un concept qui occupe aujourd’hui une place centrale dans les discussions philosophiques anglophones (voir le volume collectif édité par P. Galison et D. J. Stump, The Disunity of Science, 1995, et les travaux plus récents de A. Arana, « Purity of Methods », 2011 ; H. Chang, Is Water H20. Evidence, Realism and Pluralism, 2012 ; S. Ruphy, Scientific pluralism reconsidered. A New Approach to the (Dis)Unity of Science, 2016; L. Soler, E. Trizio & A. Pickering (eds.), Science as it Could Have Been. Discussing the Contingency / Inevitability Problem, 2015).
Le retour sur le devant de la scène de la diversité des sciences ne doit cependant pas masquer le fait que la tradition plus typiquement française de l’épistémologie historique s’était elle-même déjà emparée de cette question, et avait, de longue date, produit un certain nombre d’arguments soutenant une telle rupture d'unité. Déjà Auguste Comte, qui est aux origines de la tradition de l'épistémologie historique française, proposait dans son Cours de philosophie positive une subdivision des sciences fondée sur leurs objets et leurs méthodes, conçus comme irréductibles d’une science à l’autre. La pluralité des sources de la connaissance scientifique est donc un des traits caractéristiques du système de Comte (R. Scharff 1995 ; J.-F. Braunstein 2009), solidaire de sa volonté d’asseoir l’étude philosophique des sciences sur leur histoire.
Plus près de nous, le concept de pluralisme fait écho, dans des proportions qu’il s’agira de discuter, au régionalisme revendiqué dès l’entre-deux-guerres par des philosophes comme Gaston Bachelard. Pour Bachelard, il ne s’agit pas seulement d’affirmer une pluralité de méthodes, mais plus fondamentalement encore de reconnaître la spécificité des valeurs rationnelles propres à chaque domaine ou région scientifique. En ce sens, la raison s’organise et s’applique différemment selon le domaine matériel où elle s’exerce, sans quoi un progrès rationnel serait inconcevable.
Ce concept de régionalisme est demeuré pleinement opératoire au sein de l’épistémologie de Canguilhem, celui-ci affirmant qu’on ne peut « parler de science au singulier [que] comme phénomène de culture » (Canguilhem 1965). Dans un entretien avec Alain Badiou, Canguilhem a aussi indiqué une différence entre l’épistémologie (au sens « français ») et la philosophie des sciences : la philosophie des sciences est l’équivalent de la Wissenschaftslehre et son objectif est « l’unification du savoir, au moins par sa méthode », alors que l’épistémologie est une « étude spéciale ou régionale ».
Ainsi, l'absence d'unité des sciences a été pensée dans au moins deux contextes philosophiques différents : celui de la critique du positivisme dans le monde anglo-saxon et celui de l’épistémologie historique en France.